בכתב המנדט הבריטי על ארץ ישראל נדרשה בריטניה לשתף פעולה עם 'סוכנות יהודית' (Jewish agency), שתפקידה לייעץ לממשלת ארץ ישראל בכל הנושאים הכלכליים, החברתיים והאחרים הנוגעים להקמת הבית הלאומי היהודי ולעניניה של האוכלוסיה היהודית בארץ ישראל, וכן, בפיקוחה של הממשלה, לסייע ולהשתתף בפיתוח הארץ. עוד נאמר כי ההסתדרות הציונית העולמית תוכר בתור סוכנות כזו ועליה לנקוט בצעדים שיבטיחו שיתוף פעולה של כל היהודים הרוצים לסייע בהקמת הבית הלאומי היהודי.
בשנות ה-20 מילאה ההנהלה הציונית את התפקידים שיועדו לאותה סוכנות
יהודית. בשל הקשיים במימון מפעל ההתיישבות בארץ ישראל, ניהל ראש ההסתדרות הציונית חיים וייצמן מגעים עם גורמים יהודיים לא ציוניים במטרה להרחיב את התמיכה במפעל ואת היקף התרומות. לאחר שנים של השתדלויות הוכתרו מאמציו בהצלחה וב-11 באוגוסט 1929 התכנסו בציריך נציגי ההסתדרות הציונית, נציגים של ארגונים לא ציוניים מ-26 ארצות, וכן גם אישים יהודים לא ציוניים בולטים, והכריזו על הקמת 'הסוכנות היהודית לארץ ישראל' (שכונתה בתחילה 'הסוכנות היהודית המורחבת'), אשר תפקידה לפעול לפיתוח ארץ ישראל. נקבע כי הציוניים והלא ציוניים ייוצגו באופן שוויוני במוסדות הסוכנות וכי וייצמן, נשיא ההסתדרות הציונית, יכהן גם כנשיא הסוכנות והיהודית.
'הסוכנות היהודית המורחבת' לא מילאה את התקוות שתלו בה מייסדיה. הלא ציונים לא נטלו חלק פעיל באחריות למפעל היהודי בארץ ישראל וגם תרומתם הכלכלית היתה מוגבלת, בין השאר בשל המשבר הכלכלי בארצות הברית. בשל חוסר מעורבותם, היה היצוג של הלא ציונים בהנהלת הסוכנות סימלי בלבד. במהלך השנים נוצרה זהות מוחלטת בין ההנהלות של ההסתדרות הציונית העולמית ושל הסוכנות היהודית, כאשר הסוכנות היא הזרוע המבצעת של ההסתדרות העולמית. להנהלת הסוכנות היו שני מרכזים: המרכז בירושלים עסק במגעים עם ממשלת המנדט ובנושאי ארגון, עלייה, התיישבות, חינוך ובריאות; המרכז בלונדון ניהל את הקשרים עם הממשלה הבריטית.
מאז הקמתה של הסוכנות היהודית ועד להקמת המדינה בשנת 1948 מילאה הסוכנות היהודית תפקיד מרכזי בחיי הישוב היהודי בארץ ישראל ושימשה כ'ממשלה שבדרך'. הסוכנות היהודית היתה אחראית על תחומי המדיניות, הבטחון, הכספים, ההתיישבות והעליה. המחלקה להתיישבות של הסוכנות הקימה מאות ישובים ברחבי הארץ, ובין מבצעי ההתישבות הבולטים היו התיישבות 'חומה ומגדל' ו-11 הנקודות בנגב. חלק מהיישובים הוקמו באזורים מרוחקים ומבודדים, והם שקבעו בסופו של דבר את גבולות המדינה. עד להקמת המדינה סייעה הסוכנות בעלייתם וקליטתם של כחצי מליון עולים. בשנת 1933 הוקם מפעל עלית הנוער אשר שימש כמסגרת חינוכית לקליטת עשרות אלפי ילדים ובני נוער עולים. הסוכנות היהודית הקימה גופים ומפעלים רבים שהיוו תשתית להקמתה של מדינה עצמאית, בהם חברת המים 'מקורות' וחברת הספנות 'צים' וכן גם מפעלי תרבות כמו הוצאת הספרים 'מוסד ביאליק'. במהלך מלחמת העולם השנייה ארגנה הסוכנות היהודית את גיוסם של בני היישוב לצבא הבריטי ואת הקמתה של 'הבריגדה היהודית'. יושב ראש הסוכנות במשך מרבית שנות פעילותה עד הקמת המדינה היה דוד בן גוריון (בשנים 1935 - 1948). עם ראשי המחלקה המדינית שלה נמנו חיים ארלוזורוב (בשנים 1933-1931) ומשה שרת (בשנים 1933 -1948).
בתקופה שבין החלטת האו"ם ב-29 בנובמבר 1947 ועד להכרזה על הקמת מדינת ישראל ב-14 במאי 1948, היוותה הסוכנות היהודית יחד עם הוועד הלאומי את מועצת העם. עם הקמת המדינה, העבירה הסוכנות את תפקידיה המדיניים והשלטוניים לממשלה הזמנית, אך המשיכה לטפל בעלייה, בקליטה, בההתישבות, ובקשר עם יהדות העולם (ובאמצעותה הועברו כספי המגביות היהודיות למדינת ישראל).
מעמדה החדש של הסוכנות היהודית במדינת
ישראל הוגדר בחוק מעמד ההסתדרות הציונית העולמית - הסוכנות היהודית
לארץ-ישראל, תשי"ג-1952. חוק זה הכיר בהסתדרות הציונית ובסוכנות היהודית
כגורמים המוסמכים לפעול במדינת ישראל לפיתוח הארץ וליישובה, לקליטת העלייה
ולתיאום פעולותיהם של מוסדות וארגונים יהודיים הפועלים בתחומים אלו
בישראל. בחוק הובעה התקווה שכל היהודים יסייעו בבניין המדינה, ועל הסתדרות
הציונית הוטל לפעול להשגת אחדות בין כל חלקי יהדות העולם. בשנת 1954
נכרתה בין ממשלת ישראל ובין ההנהלה הציונית אמנה שהגדירה את נוהלי שיתוף
הפעולה בין שני הגורמים. האמנה מקנה
להסתדרות הציונית ולסוכנות היהודית מעמד רשמי כמייצגת יהדות העולם
וכמוסמכת לפעול בתחומי מדינת ישראל בנושאי עלייה, קליטה, התיישבות וחינוך יהודי
בתפוצות.
בשנת 1971 נחתם הסכם מחודש לכינונה של 'הסוכנות היהודית המאוחדת', בהשתתפות גורמים ציוניים מהעולם וגורמים שמחוץ למסגרות הציוניות, אך הם בעלי זיקה עמוקה לישראל ולקידומה. הסוכנות מורכבת כיום משלושה גורמים: ההסתדרות הציונית העולמית (50%), המגבית המאוחדת לישראל ואיחוד הקהילות היהודיות בארצות הברית (30%) וקרן היסוד (20%). בראש הסוכנות עומדת עצרת כללית, חבר נאמנים והנהלה, שהרכבם מקביל לזו של העצרת. הנהלת הסוכנות יושבת בירושלים. היו"ר והגזבר של ההנהלה מכהנים באותם תפקידים גם בהנהלה הציונית ויו"ר חבר הנאמנים הוא נציגם של הארגונים הלא ציוניים.
ב- 1979 הוגדרו תחומי הפעילות של הסוכנות היהודית באמנה שנחתמה עם ממשלת ישראל והם: ארגון פעולות עליה בתפוצות, העברת העולים ורכושם לישראל; השתתפות בשיכון וקליטת העולים; סיוע בהתישבות חקלאית (בתחומי הקו הירוק); טיפול בעליית הנוער; תמיכה בשירותי הבריאות של העולים; תמיכה במוסדות אקדמיים; תמיכה במוסדות תרבות, חינוך מדע, ספורט ומוסדות שירותים חברתיים אחרים; טיפול באוכלוסיה מוגבלת בישראל. תקציב הסוכנות ממומן באמצעות תרומותיהם של יהודי העולם הרחב וכן מתרומות מהקהילה העסקית הישראלית.
בשנים האחרונות הסוכנות היהודית ממקדת את פעילותה בשלושה תחומים עיקריים:
עידוד העלייה לישראל וסיוע בקליטתם של העולים - מאז הקמת המדינה הגיעו למדינת ישראל באמצעות הסוכנות למעלה משלושה מליון עולים מכל רחבי העולם. הסוכנות פועלת לקליטה ראשונית של העולים באמצעות מפעלי דיור, סעד, רווחה וחינוך ותכניות לחיזוק הקשר בין העולים החדשים ובין הישראלים הוותיקים. במסגרת פעולותיה מפעילה הסוכנות 35 מרכזי קליטה וכן תוכניות ותכניות כמו "בבית ביחד", "קשת", "נתיב", הקרן למען עולים בודדים, קורסים מיוחדים לחיילים העולים במהלך שירותם הצבאי.
העמקת החינוך היהודי-ציוני בתפוצות, בעיקר בקרב צעירים, וחיזוק זיקתם למדינת ישראל - הסוכנות היהודית מפעילה מערכת חינוך רחבת-היקף בקהילות היהודיות בעולם שנועדה להעמיק את זהותם היהודית של חבריה, לחברם אל שורשי הערכים, המסורת והתרבות היהודית והישראלית ולחזק את זיקתם למדינת ישראל. פעילות החינוך בתפוצות מקיפה חינוך פורמאלי ובלתי-פורמאלי, שלוקחים בו חלק אלפי צעירים יהודים, חלקם מבקרים בישראל באמצעות תוכניות 'מסע' ו'תגלית'.
צמצום פערים
בחברה הישראלית - הארגון מפעיל תוכניות שמטרתן לקדם הזדמנויות שוות לחינוך ולהשכלה גבוהה ולפתח מנהיגות צעירה בקהילות, כמו "פותחים עתיד", "נטע" "ניצוצות של מדע", 'קהילות צעירות' . הסוכנות מפעילה חמישה כפרי נוער עבור ילדים בסיכון גבוה., רבים מהם עולים. בשנים האחרונות מתמקדת פעילותה של הסוכנות היהודית בעיקר באזורי העדיפות הלאומית והיא עוסקת בפיתוח הנגב והגליל,
הסוכנות היהודית זכתה בפרס ישראל בתחום מפעל חיים עבור תרומה מיוחדת לחברה ולמדינה לשנת התשס"ח,