ב-29 ביוני 1965 הכריז דוד בן-גוריון על הקמת רשימה חדשה בשם רפ"י (רשימת פועלי ישראל). הרשימה הוקמה בעקבות מאבקו של בן-גוריון נגד לוי אשכול בדרישה לחידוש החקירה ב'פרשת לבון' והתנגדותו להקמת 'המערך לאחדות פועלי ישראל' עם 'אחדות העבודה-פועלי ציון'. לרשימה החדשה הצטרפו תומכיו של בן-גוריון במפא"י, בהם רוב 'צעירי מפא"י'. בספטמבר 1965 החליט בית הדין של מפא"י על הרחקתם של חברי רפ"י משורות מפא"י. בעקבות החלטה זו, היתה פרישתו של בן-גוריון ממפא"י ופילוג המפלגה לעובדה מוגמרת ורשימת רפ"י היתה למפלגה עצמאית. הפעילים הבולטים במפלגה היו: בן-גוריון, יוסף אלמוגי, גדעון בן-ישראל, אריה בהיר, עמוס דגני, חנה למדן, יזהר סמילנסקי, צבי צור, יצחק נבון, משה דיין ושמעון פרס.
במצעה של רפ"י לבחירות לכנסת בשנת 1965 הופגנו עמדות ניציות בנושאי חוץ ובטחון והתנגדות לביטול הממשל הצבאי במגזר הערבי. המפלגה קראה לשינוי שיטת הבחירות ולהקמת ועדה משפטית לחקירת 'פרשת לבון'. רפ"י תקפה במצעה את ההסתדרות וקראה לליברליזציה של המשק ולהנהגת ביטוח אבטלה, ביטוח בריאות ממלכתי וחינוך חובה חינם לגילאי 16-3. הסוציאליזם לא הוזכר במצע, עם זאת דובר בו על מודרניות, מדע, מידוע וטכנולוגיה. ברשימה
רפ"י לכנסת הופיעו רמטכ"לים לשעבר כמשה דיין וצבי צור,
ו'צעירים' כיצחק נבון, טדי קולק ושמעון פרס, שהוצגו כחלופה למנגנון המפלגתי והבירוקרטי של מפא"י.
בבחירות לוועידת ההסתדרות ה-10, שנערכו בספטמבר 1965, קיבלה רפ"י 12.1% מהקולות. בבחירות לכנסת ה-6, שנערכו בנובמבר 1965 קיבלה רפ"י 10 מנדטים בלבד. נסיונה לערער על ההגמוניה של מפא"י במדינה נכשל והיא היתה למפלגת אופוזיציה. יריביה מהשמאל, 'המערך' ומפ"ם, התחזקו והקימו קואליציה בלעדיה. הישגה היחיד של רפ"י היה בחירתו של נציגה טדי קולק לראשות עיריית ירושלים במקום מרדכי איש שלום נציג מפא"י.
לאחר הבחירות הקימה רפ"י את מוסדותיה. שמעון פרס נבחר למזכ"ל המפלגה. המפלגה הוציאה לאור בטאון בשם 'מבט חדש'. בכנסת הפגינה המפלגה עוינות רבה כלפי מפא"י ומתחה ביקורת קשה על מדיניות המיתון ועל מדיניות החוץ של ממשלת אשכול. ערב מלחמת ששת הימים, בעקבות הלחץ הציבורי הכבד, מינה אשכול את משה דיין לשר הביטחון ורפ"י הצטרפה לממשלת הליכוד הלאומי.
לאחר המלחמה התחזק מעמדה של רפ"י והתבטלו רבים מגורמי המחלוקת שפילגו את תנועת העבודה. גברה הנטייה ברפ"י לשוב ולהתאחד עם מפא"י, כשהכח המניע העיקרי למהלך זה היה שמעון פרס. ב-12
בדצמבר 1967 נערכה ועידת רפ"י, שבה הוחלט ברוב גדול על האיחוד (בן-גוריון נמנע בהצבעה). ב-21 בינואר 1968 התאחדו המפלגות מפא"י, 'אחדות העבודה-פועלי ציון' ורפ"י והקימו את 'מפלגת העבודה הישראלית'. במהלך הזמן השתלבו יוצאי רפ"י (דיין, פרס, נבון, גד יעקבי, חיים הרצוג, אריה נחמקין ואחרים) במפלגת העבודה ותפסו בה עמדות בכירות.
דוד בן-גוריון וחלק מחברי רפ"י לא הצטרפו לאיחוד, והקימו את 'הרשימה
הממלכתית'. המפלגה בראשות בן-גוריון השתתפה בבחירות לכנסת ה-7 באוקטובר 1969 והשיגה ארבעה מנדטים. במהלך כהונת הכנסת השביעית פרש בן-גוריון מהכנסת ומהחיים
הפוליטיים. בשנת 1973 חברו חלק מחברי
הכנסת של 'הרשימה הממלכתית' להקמת 'הליכוד'. במהלך
כהונת הכנסת ה-9, קראו שלושה חברי כנסת שפרשו מהליכוד לסיעתם החדשה בשם
'רפ”י - הרשימה הממלכתית'. לאחר כארבעה חודשים התפצלה הסיעה והשם רפ”י נעלם.