נולד ב-15 בדצמבר 1895 בבאלטה בחבל פודוליה שבאוקראינה. בשנת 1905 עלה עם משפחתו לארץ ישראל. בתחילה התישבה המשפחה ביהודיה ולאחר שנתיים עברה לפתח תקווה. למד תקופה מסויימת בבית הספר 'קרית-ספר' בבן שמן בניהולו של ישראל בלקינד ובבית הספר של הברון בפתח תקווה. בהיותו כבן שתים עשרה יצא לעבוד בפרדסי פתח תקווה. אחרי כן  עבד בעין גנים, סג'רה, מרחביה, וכפר אוריה, והתחבר אל יוסף חיים ברנר (שאימצו והדריכו בכתיבה וקריאה בספרות יפה) וכן אל א"ד גורדון, ברל כצנלסון, שמואל יבנאלי, נח נפתולסקי ורבים אחרים.

בשנת 1917 השתתף עם נח נפתולסקי בניסיונות שנערכו בסמוך לחוות כינרת לגדל חיטה וירקות בהשקייה, אשר היוו את ראשית האינטנסיפיקציה של החקלאות בארץ-ישראל. בעת הרעב הגדול בירושלים, בתקופת מלחמת העולם הראשונה, יחד עם ברל כצנלסון, עסק בהדרכה חקלאית לגידול ירקות בחצרות העיר. לקראת סוף המלחמה התנדב לגדוד העברי הארצישראלי ושירת בו שנתיים.

בשנת 1919 נמנה עם מייסדי מפלגת 'אחדות העבודה' בפתח תקווה. בדצמבר 1920 נמנה עם מייסדי ההסתדרות הכללית של העובדים בארץ-ישראל, והשתתף כציר בוועידת היסוד של ההסתדרות. מפעם לפעם הביע את דעותיו בעניני השעה בפגישות ובאספות של פועלים ובעתוני הפועלים.

בשנת 1920 נישא לאסתר קפלן. בשנת 1921 עלה על הקרקע עם ראשוני המתישבים בעמק יזרעאל והקים את מושב העובדים כפר יחזקאל. השתתף בבנין המשק והמושב והיה פעיל בחיים הצבוריים המקומיים והכלליים. היה פעיל במוסדות המרכזיים של מפלגת 'אחדות העבודה' ומשנת 1930 - במוסדות מפא"י. היה חבר במרכז החקלאי ובמועצת ההסתדרות, ובשנת 1925 נמנה עם מייסדי תנועת המושבים. בשנת 1925 יצא בשליחות הקרן קיימת לישראל לליטא. בשנת 1931 נבחר ברשימת מפא"י לאספת הנבחרים השלישית. הוא יצא בשליחות ההסתדרות לארצות הברית (1932) והשתתף כציר בקונגרס הציוני הי"ח בפראג (1933), בקונגרס הציוני הי"ט בלוצרן (1935) ובקונגרס הכ' בציריך (1937). היה פעיל בארגון ה'הגנה' במשך כל השנים. משנת 1934 היה מראשי הנאבקים לעבודה עברית בפרדסי השרון ואף נעצר על ידי הבריטים, נשפט ונדון למאסר.

בשנת 1938 נישא קושניר בשנית ללאה קומרוב. בשנים 1948-1939 שימש כמנהל המחלקה החקלאית של האיגוד למען תוצרת הארץ. בשל תפקידו נאלץ לעזוב את משקו בכפר יחזקאל ועבר לגור בשכונת בורוכוב. על יד ‏ביתו הקים משק עזר ועסק בנטיעות ובגידול צמחים ופרחים מיוחדים. לימים הפכה השכונה לחלק מהמועצה המקומית גבעתיים וקושניר שימש כחבר המועצה המקומית. במלחמת העצמאות נפל בנו מנישואיו הראשונים, טוביה קושניר, סטודנט וחוקר טבע מבטיח, עם מחלקת הל"ה בדרך לגוש עציון. בשנים 1949–1950 יצא בשליחות לעידוד העליה מארגנטינה ומאורוגוואי. עם שובו לארץ עסק בהדרכה במושבי העולים בנגב ובעניני שיווק התוצרת ב'תנובה' עד צאתו לגמלאות בשנת 1959. בשנת 1950 התמנה לחבר המועצה הציבורית להנצחת החייל של משרד הביטחון, שעסקה בהנצחת הנופלים במערכות ישראל בספרי עיזבון ובאתרי זיכרון. מאוחר יותר התמנה ליו"ר המועצה וכיהן בתפקיד עד 1970.

במהלך השנים כתב שמעון קושניר מאמרים בענייני היום, ההתיישבות ועוד שהתפרסמו בעיתונות התנועה בכתבי עת כגון: 'קונטרס', 'דבר', 'הפועל הצעיר' ו'השדה' וכן חיבר מאמרים ל'ספר העליה השניה' בעריכת ברכה חבס. בשנת 1929 פרסם חוברת על תולדות כפר יחזקאל במסגרת הסדרה 'לנער: ספרית ארץ ישראל של הקרן הקיימת לישראל'. החל משנות ה-50 כתב ספרים שעסקו באישים ומאורעות בתולדות הישוב. חלק מהספרים עסקו בעליה השניה ובבני דורו של קושניר: אברהם הרצפלד, נח נפתולסקי, שמואל יבנאלי, אהרון שר ואחרים. חלק מהספרים הם על רקע אוטוביוגרפי ומשפחתי: 'בכור מכורה', 'הד מגלבוע', 'בדמדומי בוקר', 'האיריסים עודם פורחים' ו'שורש בעמק'. 

שמעון קושניר ערך את הספרים: 'ספר הנופלים בני גבעתיים' (1968), 'רחל ושירתה : מבחר דברי זכרונות והערכות' (יחד עם אחיו מרדכי שניר, 1971) ו'השארות: מעזבונה של טל-לי אורון' (1976). בשנים 1969-1964 ערך את כתב העת  'בגבעתיים : בטאון עירוני לאינפורמציה והווי מקומי' מטעם עיריית גבעתיים. 

שמעון קושניר נפטר ב-2 בפברואר 1986. על פי בקשתו נקבר בבית העלמין בכינרת בסמוך לידידיו הקרובים אברהם הרצפלד ונח נפתולסקי.