נולד ב-4 באוקטובר 1911 למשפחה ציונית בקובנה שבליטא. למד בבית ספר עברי. בשנת 1925 עלה עם משפחתו לארץ ישראל. למד בגימנסיה הרצליה. בשנת 1927 היה חבר בקבוצת תלמידים מהגימנסיה אשר התארגנה במטרה להקים תנועת נוער בעלת ערכים ציוניים שתוביל את הנוער להגשמת הציונות בארץ ישראל. קבוצה זו, שכונתה לימים 'קבוצת החוגים' ו'החוג הזקן', היא שהקימה את תנועת 'המחנות העולים'.

בשנת 1928, בהיותו בן 17, סיים את לימודיו בגימנסיה בהצטיינות יתרה ויצא עם וחבריו להגשים את רעיון הציונות ולהיות פועלים בארץ ישראל. הם נשלחו לעבודה במושבה חדרה, ומאוחר יותר הצטרפו אליהם חניכי 'לגיון הצופים' מירושלים. מחדרה עברו חברי הקבוצה לכפר יחזקאל, ועבדו כשכירים בישובי העמק ובסלילת כבישים וחפירת תעלות. מאוחר יותר, כאשר התפנה מחנה מעיין חרוד, תפסה 'קבוצת החוגים' את המחנה במטרה לשמור על מקומה להתיישבות. בשנת 1932, כשגדלה הקבוצה התישבו חלק מחבריה במחנה זמני ברעננה והמתינו לעלייה על הקרקע. בשנים אלה קלטה הקבוצה חברים מתנועות נוער חלוציות מאירופה.

בשנת 1937 עלתה 'קבוצת החוגים' להתיישבות בעמק בית שאן והקימה את קיבוץ מעוז חיים במסגרת התישבות 'חומה ומגדל'. במשך כל השנים האלה המשיך יצחק כפכפי בעבודת הדרכה וריכוז במסגרת תנועת 'המחנות העולים', שבכל שנה הצטרפו בוגריה, שנקראו 'החוג העולה' לישובי התנועה, לפלמ"ח ולהקמת ישובים חדשים. במעוז חיים הוא מילא תפקידים שונים: מזכיר, מנהל חשבונות, מחנך ומורה בכל המקצועות בתיכון, היה פעיל בחינוך ובוועדת החינוך של מזכירות 'הקיבוץ המאוחד'. היה ממייסדי בית הספר המקומי, פעל לקליטת ילדים נוספים ולהרחבת בית הספר. ביזמתו אוחדו כיתות עם חברות נוער שהתחנכו בקיבוצים והוגדלו הכיתות.

במשך שנים רבות היה יצחק כפכפי האידיאולוג של הקיבוץ. הוא היה הנואם בכל חג גדול ואירוע ומארגני החגים באו לקבל ממנו סיסמה לחג. לכל חג ואירוע נתן סיסמה מיוחדת במינה, השוזרת את ההוויה ההיסטורית עם ההוויה הישראלית-קיבוצית.

מכריו של יצחק כפכפי הגדירו אותו כ'אוטודידקט, איש אשכולות, סקרן וחוקר בלתי נלאה'. הוא התעניין והעמיק ידיעותיו במגוון רחב של תחומים: פילוסופיה, תנ"ך, ארכיאולוגיה, היסטוריה, החי והצומח של ארץ ישראל, מתמטיקה, פיסיקה, ביולוגיה, כימיה, אמנות, ספרות ועוד.

בשנות מלחמת העולם השניה החל לתרגם שירים מרוסית, אנגלית ויידיש, הידוע שבהם - 'תחת זיו כוכבי שמים' מאת אברהם סוצקבר. לחלקם גם הלחין מנגינות והשירים הושרו במסיבות ובחגי הקיבוץ. לאחר מכן התחיל בתרגום מגרמנית של שירים של היינריך היינה והחל במפעל הגדול של תרגום המחזה 'פאוסט' של גתה, הנחשב ליצירה החשובה ביותר שנכתבה בשפה הגרמנית.

בשנות השישים, כשמצב בריאותו הידרדר עבר לעבוד בהוצאת 'הקיבוץ המאוחד'. כתב, ערך ותרגם ספרי עיון, מדע  ופרוזה. בין השאר חיבר את 'מילון שורשים ביולוגי : לשמות בינלאומיים של צמחים ובעלי חיים', התאים נוסח עברי ל'הציפורים: מגדיר שדה שלם לציפורי אירופה והמזרח התיכון', תירגם את 'הרע לכאורה' מאת קונראד לורנץ ו'התנהגות החי' מאת דירק פרנק ועוד. הוא השלים את התרגום ל'פאוסט' ותירגם יצירות נוספות של גתה: 'איפיגניה בטאורוס', 'וילהלם מייסטר', 'מחיי : פיוט ומציאות' ו'רייניקה שועל'. ערך כתבים של י"ח ברנר ומ"י ברדיצ'בסקי ואת כרכי הספר 'שנות המחנות העולים'.

נפטר ב-12 במאי 1998 באשדות יעקב מאוחד.